3. Le protectorat britannique
En 1888, l'accord de protectorat tant souhaité est enfin signé entre Brunei et la Grande-Bretagne. Pourtant, en 1890, Londres laisse Sarawak, devenu – ainsi que Sabah – protectorat britannique, s'emparer de la vallée du Limbang malgré les protestations acharnées du sultan Hashim. Cette nouvelle amputation, qui tranche le sultanat en deux, met en danger son existence même. Ce n'est qu'en 1906 (après la découverte de pétrole à Brunei) que Londres matérialise le protectorat en nommant à Brunei un résident. Ce dernier, « conseiller » du sultan, a le pouvoir de fait, sauf pour ce qui touche à l'islam. La succession dynastique est garantie ainsi que les revenus du sultan. Au prix de son indépendance, la survie du sultanat est donc assurée : les nouvelles tentatives de Sarawak pour l'absorber échouent. Et la découverte d'un riche gisement de pétrole à Seria en 1929 lui permet de retrouver sa prospérité.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, les Japonais occupent Brunei (qu'ils administrent avec Sabah et Sarawak) de décembre 1941 à juin 1945 sans y rencontrer de mouvement de résistance comme à Sabah. À partir de 1948, c'est le gouverneur de Sarawak (devenu colonie britannique) et non plus le gouverneur général de Malaisie qui devient haut-commissaire pour Brunei, ce qui ne va pas sans susciter l'inquiétude du sultan. La richesse de Brunei, dont le revenu pétrolier a triplé en 1950, en fait un objet de convoitise. À la même époque, la création du Commissariat général du Royaume-Uni pour l'Asie du Sud-Est (Malaisie, Singapour, Sarawak, Brunei, Sabah) préfigure ce qui sera dans les années 1960 le projet de Grande Malaisie, et provoque certaines spéculations sur une fédération éventuelle des territoires britanniques de Kalimantan.
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