La bio-informatique est une application des techniques informatiques au traitement massif de données biologiques. Elle est spécialement utilisée pour l'analyse des séquences génomiques et des protéines. Le terme de bio-informatique est apparu en 1995 dans des publications scientifiques et des programmes de recherche, avec les premiers pas de la génomique. Cette discipline prend en effet appui sur l'utilisation exhaustive des ordinateurs pour traiter la masse d'informations issue de la détermination de la séquence des génomes.
La bio-informatique est une discipline émergente de la recherche qui se place à l'interface de la biologie et de l'informatique. Il y a différentes façons de la définir. Il est possible de classer les bio-informaticiens qui la pratiquent en trois groupes (Victor Jongeneel, 2000). Les premiers se définissent comme pratiquant une branche fondamentale de la biologie capable de prédire, par des moyens informatiques, les lois ou les comportements biologiques. Par opposition aux classiques manipulations in vivo ou in vitro pratiquées en laboratoire, on parlera alors d'expériences « i […]
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Bibliographie
M. Dayhoff, « Computer aids to protein sequence determination », in J. Theor. Biol., vol. 8, pp. 97-112, 1964
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A. Maxam & W. Gilbert, « A new method for sequencing DNA », in Proceedings of the National Academy of Science, vol. 74, pp. 560-564, 1977
K. Rutherford et al., « Artemis : sequence visualisation and annotation », in Bioinformatics, vol. 16, pp. 944-945, 2000
R. Staden, « Sequence data handling by computer », in Nucleic Acids Research, vol. 4, no 11, pp. 4037-4051, 1977.
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Sites Internet
Artemis, un outil de visualisation et d'annotation de séquence : http ://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/Examples
J.-M. Claverie, La Biologie structurale, déc. 2000, Information génétique et structurale, U.P.R. 2589 C.N.R.S., Marseille : http ://igs-server.cnrs-mrs.fr/cnrs.html
P. Dessen, « Les Secrets de la séquence », in Biofutur, no 146, pp. 39-43, juin 1995 : http ://www.infobiogen.fr/people/dessen/biofutur95.html
Le génome humain au génoscope, Centre national de séquençage, Évry : http ://www.genoscope.cns.fr/externe/Français/Questions/FAQ.html
V. Jongeneel, Bio-informatique ? 19 déc. 2000, Institut suisse de bio-informatique, Epalinges : http ://sic.epfl.ch/SA/publications/FI00/fi-10-00/10-00-page3.html
Logiciels pour la biologie, Institut Pasteur, Paris : http ://bioweb.pasteur.fr/
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