La question du contentieux frontalier se trouve au centre de la rencontre du Premier ministre George Cadle Price avec le président guatémaltèque, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, en juillet 1990. En 1991, année où le Belize fête le dixième anniversaire de son indépendance, le Guatemala abandonne ses revendications territoriales, décision entérinée par un vote du Congrès guatémaltèque en novembre 1992. Dès septembre, le Guatemala reconnaît la pleine souveraineté du Belize et les deux pays établissent des relations diplomatiques. Le Belize, qui entretient également des relations diplomatiques avec le Chili depuis mai 1990, est admis en 1991 à l'Organisation des États américains (O.E.A.).
Après la victoire inattendue du Parti démocratique uni (P.D.U., conservateur) aux élections de juin 1993 où il obtient 16 sièges contre 13 au Parti uni du peuple (P.U.P., social-démocrate) au pouvoir, son chef, Manuel Esquivel, devenu Premier ministre, suspend l'accord avec le Guatemala, qu'il juge défavorable, et obtient le remplacement du gouverneur général, trop actif à son gré dans la politique locale.
En juillet 1994, Manuel Esquivel accuse le Guatemala d'être engagé dans « un processus d'invasion de facto ». En conséquence, le Belize consacre 2,5 p. 100 du P.I.B. à la Défense, le taux le plus élevé des pays du Caricom (Communauté des Caraïbes). Le Belize continue à renforcer ses liens avec les îles caraïbes anglophones plutôt qu'avec ses voisins continentaux.
L'année 1997 est marquée par la résurgence du litige territorial avec le Guatemala et par le retrait du certificat de bonne conduite octroyé par Washington dans le cadre de la lutte contre le trafic de drogue.
Le 27 août 1998, l'opposition remporte les élections législatives. Le P.U.P. obtient 59 p. 100 des suffrages et 26 sièges sur 29 au Parlement contre 3 pour le P.D.U. du Premier ministre sortant. Saïd Musa est nommé chef du gouvernement. Le pays retrouve sa certification octroyée par les États-Unis en matière de lutte contre le trafic de drogue.
En janvier 2001, le Belize devient membre du Système d'intégration centre-américain (S.I.C.A.), qui œuvre au rapprochement économique des sept pays d'Amérique centrale, ainsi que du Parlement centre-américain.
L'année 2002 est marquée par le règlement du conflit territorial avec le Guatemala. Ce dernier abandonne toute revendication sur son voisin en échange de droits maritimes dans le golfe du Honduras. L'accord doit encore être soumis à référendum. Sous la pression des États-Unis, le Belize a engagé une politique de lutte contre le blanchiment d'argent.
Le 5 mars 2003, le P.U.P du Premier ministre Saïd Musa remporte les élections législatives (21 sièges sur 29).
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