Auxerre, chef-lieu de l'Yonne, entre vraiment dans l'histoire à l'époque romaine, sous le nom d'Autussiodurum, en tant que port sur l'Yonne et étape sur la via Agrippa reliant Lyon à Cologne. Les Romains en font au iiie siècle la capitale de la IVe Lyonnaise et l'entourent au ive siècle d'une enceinte, dans laquelle se développe la première ville médiévale. Les évêques s'y installent, le plus illustre étant saint Germain, sur le tombeau duquel est fondée une abbaye bénédictine, haut lieu de la chrétienté pendant tout le Moyen Âge. Entre 1166 et 1192, les comtes d'Auxerre entourent le centre et les bourgs extérieurs de murailles qui contiendront la ville pendant six siècles. Des xiie et xiiie siècles datent quelques monuments majeurs de la ville : la tour romane Saint-Jean, l'église gothique Saint-Germain, ainsi que la cathédrale Saint-Étienne. La période de paix qui suit la guerre de Cent Ans lègue des maisons à colombages, des hôtels particuliers, la tour de l'Horloge et des églises comme Saint-Pierre. Les xviie et xviiie siècles apportent peu de changements, la ville continuant alors à vivre de son rôle religieux et administratif, de sa vigne et de son port d'où s'expédient les vins locaux et les bois du Morvan vers Paris.
Au xixe siècle, Auxerre s'industrialise timidement (fonderies, machines-outils), mais elle reste à l'écart de la voie ferrée P.L.M. qui, par ailleurs, concurrence la navigation, et son vignoble est dévasté par le phylloxéra. Dans les années 1950 et 1960, grâce à l'autoroute A6 qui la rapproche de la capitale, la ville, réveillée par les délocalisations industrielles (camions Fruehauf), s'entoure d'une banlieue et connaît une croissance rapide. Depuis peu, des Parisiens viennent s'y installer, tout en travaillant dans la capitale, contribuant ainsi à faire entrer Auxerre dans la périphérie lointaine de celle-ci. L'agglomération, qui renforce également son rôle de pôle administratif, commercial et de services, s'entoure alors d'une couronne périurbaine de villages pavillonnaires. Le prestige de son équipe de football, l'A.J. Auxerre, contribue à lui donner une aura nationale et internationale.
Actuellement, près de 80 p. 100 des emplois de l'agglomération proviennent des services (hôpital 1 300 emplois, conseil général 1 000, ville d'Auxerre 750) et du commerce (650 emplois dans les hypermarchés). Le reste est fourni par un secteur industriel diversifié d'entreprises petites et moyennes (Davey Bickford, Fruehauf, Hermès Métal : entre 400 et 600 salariés). L'agglomération comptait 37 800 habitants lors du recensement de 1999 et l'aire urbaine (agglomération et couronne périurbaine) 85 000 ; globalement en augmentation modérée au cours de la décennie de 1990, la population diminue à Auxerre même, du fait des départs vers une couronne en croissance.
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