4. L'école positiviste éclatée
Les disciples d'Auguste Comte ne l'ont pas tous suivi dans sa mission prophétique. Le premier à s'éloigner fut Stuart Mill. Littré ressentit très mal l'approbation donnée au coup d'État de Louis Napoléon et, à la mort du maître, appuya Caroline Massin qui attaquait le testament. Mais les motifs de son éloignement ne sont pas tous circonstanciels. Quelques-uns des fidèles jugeaient même que Comte avait trahi sa propre pensée, voire, révoltés, le taxaient d'insanité. Ce n'est qu'en 1868 que le testament fut validé et que Pierre Laffitte put lancer au nom de la société positiviste un prospectus où il appelait à créer une éducation, un culte et des moyens politiques d'après les vues du système. Laffitte reçut la chaire d'histoire des sciences au Collège de France. Malgré un noyau d'une douzaine de positivistes orthodoxes, la circulaire ne reçut guère d'application en France et les positivistes dissidents, Littré, Ferry, se retrouvèrent dans les loges où ils n'avaient à s'occuper que de cultiver leur anticléricalisme.
Les anticléricaux d'alors étaient beaucoup plus hostiles à l'institution qu'à la foi ; Comte, au contraire, avait rêvé de remplacer l'ancienne foi par le positivisme en colonisant, en parasitant l'Église qu'il fallait conserver. Il se trouvait en porte à faux, et, surtout, il était venu trop tard. L'heure était passée des grands systèmes romantiques à la Saint-Simon, et Comte avait perdu du temps en construisant sa philosophie des sciences.
À l'étranger, à Londres, à New York s'ouvrirent des chapelles positivistes. Mais une puissante église positiviste ne réussit à s'implanter qu'au Brésil. Elle compta de fortes personnalités, comme Botelho de Magalhães, l'un des chefs de la révolution de 1889. Son plus grand succès fut de faire inscrire dans la Constitution de 1891 et sur le drapeau du Brésil la devise du positivisme, Ordre et Progrès.
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