2. Diversité des archées
• Les méthanogènes
Les archées méthanogènes sont les premières à avoir été identifiées en tant que telles par Carl Woese. Ce sont des anaérobies strictes qui utilisent le dioxyde de carbone ou d'autres composés organiques simples, et l'hydrogène, pour produire du méthane, un processus appelé méthanogenèse. Ce métabolisme, qui semble fait sur mesure pour l'atmosphère terrestre primitive, explique le choix initial fait par Carl Woese du terme archéobactérie. La méthanogenèse est en fait un mécanisme très complexe qui met en jeu des coenzymes spécifiques et qui n'existe que chez les archées. Les archées méthanogènes sont présentes dans tous les biotopes anaérobies (marécages, rizières, intestins des animaux, sources hydrothermales terrestres et sous-marines) et peuvent vivre dans toute la gamme de température compatible avec la vie, de 0 0C (psychrophiles) à 110 0C (hyperthermophiles de l'ordre des Méthanopyrales). Les archées méthanogènes sont présentes en abondance dans notre intestin (en particulier l'espèce Methanobrevibacter smithii), et elles ont été récemment associées à des pathologies gingivales au sein de « consortiums bactériens ». Les méthanogènes ont des morphologies très variées (coques, bacilles, sarcines) et peuvent être à Gram positif ou négatif. Les méthanogènes à Gram positif (ordre des Méthanobactériales) possèdent dans leur paroi de la pseudomuréine qui ressemble à la muréine des parois bactériennes (dans les deux cas, il s'agit de longues chaînes polysaccaridiques reliées entre elles par de courtes chaînes peptidiques), tout en présentant des différences majeures (par exemple les acides aminés des ponts peptidiques sont de forme L chez les bactéries et D chez les Méthanobactériales).
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