3. Évolution
On considère désormais que, des trois groupes actuels d'Amphibiens, ce sont les Urodèles et les Anoures qui sont les plus étroitement apparentés et sont regroupés sous le nom de Batrachia, tandis que les Gymnophiones constituent leur groupe frère. À l'état fossile, on connaît peu de lissamphibiens antérieurs au Crétacé, le plus ancien étant un anoure très primitif, Triadobatrachus, du Trias inférieur de Madagascar.
Les affinités des Lissamphibiens avec les autres groupes de Tétrapodes primitifs fossiles sont encore obscures et sont l'objet de nombreuses controverses. B. Gardiner (1983) a remis à l'honneur l'idée d'une relation étroite entre Lissamphibiens et Lépospondyles, un petit groupe d'Amphibiens paléozoïques comprenant des formes à allure de tritons (Nectridiens) et parfois serpentiformes (Aistopodes). Cette idée a été reprise par M. Laurin et R. R. Reisz (1997) mais la majorité s'accorde sur une origine des Lissamphibiens à partir des Temnospondyles (J.-C. Rage, 1985 ; A. R. Milner et al., 1986).
En dehors des Lépospondyles, les Stégocéphales comprennent deux grands ensembles : d'une part, les Anthracosaures, aux vertèbres de type embolomère et d'où sont issus les Amniotes, et, d'autre part, les Temnospondyles, qui peuplèrent les zones humides du globe jusqu'au début du Crétacé et dans lesquels s'enracineraient les Lissamphibiens. En dehors de ces grands ensembles, trois petits groupes, les Ichthyostégides, les Loxommatides et les Crassigyrinides, représentent les plus primitifs des Tétrapodes connus.
Le passage du grade amphibien au clade amniote est marqué essentiellement par l'apparition de l'œuf amniotique, événement qu'il est difficile de dater. La paléontologie permet d'affirmer qu'il existait déjà des reptiles – donc des Amniotes – au Carbonifère moyen. Au sein des Anthracosaures, ce sont les Seymouriamorphes qui partagent avec les Amniotes typiques le plus grand nombre de spécialisations (structure des vertèbres, du crâne) et semblent déjà montrer, par la réduction de leurs sillons sensoriels de la ligne latérale, un certain affranchissement vis-à-vis du milieu aquatique.
Les derniers de ces grands Amphibiens fossiles (Stégocéphales) qui peuplaient les marécages, voire les lagunes marines au Paléozoïque, se sont éteints pendant l'ère Secondaire, au Crétacé.
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