1. La microflore ammonifiante
Bien qu'un mécanisme photochimique puisse contribuer, dans les eaux, à assurer l'ammonification, celle-ci est essentiellement de nature biologique, au moins dans les sols. Le fait est démontré par la sensibilité du phénomène vis-à-vis des facteurs qui limitent la vie (ex. température, aération, humidité) et par l'isolement des germes responsables. La propriété de détacher la fonction amine des aminoacides, issus de l'hydrolyse des protéines, est d'ailleurs une faculté métabolique courante chez les micro-organismes. L'existence d'une microflore ammonifiante n'est donc pas en cause. Cependant, sa composition et son activité restent discutées.
Dans les océans, on distingue deux types de minéralisation de l'azote organique. Les bactéries des eaux superficielles agissent de façon rapide, mais brève et peu intense. Aux oscillations de la production d'ammoniaque (et de nitrates) en surface s'oppose la stabilité, la lenteur mais aussi l'intensité de ce phénomène dans les eaux profondes, selon des modalités mal connues.
Dans le cas des sols, l'identification de la microflore n'est pas aisée : ou bien on isole des souches dont on teste in vitro le pouvoir ammonificateur, qui n'est pas forcément équivalent dans la nature, ou bien on stimule in situ, de manière « écologique », les germes éventuellement spécialisés dans l'ammonification – sans que la méthode des cultures pures, inapplicable aux associations microbiennes, puisse donner la preuve de cette spécialisation. Les résultats dépendent donc étroitement des modalités expérimentales. Ainsi, après percolation d'une terre par une solution peptonée, on isolera surtout des Pseudomonas ou des Proteus. Mais si on incorpore des protéines à la terre, ou si, à l'aide de grains de cette terre, on ensemence un milieu solide renfermant de l'azote organique, on pourra suivre au microscope les modifications successives complexes qui interviennent dans les populations microbiennes : bactéries, actinomycètes, champignons semblent se relayer, comme l'a montré J. Pochon.
Certains chercheurs, renonçant à préciser l'aspect bactériologique du phénomène, préfèrent mesurer le dégagement d'ammoniac en mettant en incubation à 28 0C des échantillons de sol humidifié. On définit ainsi un « coefficient d'ammonisation » qui recouvre une réalité complexe. D'autres auteurs, après avoir détruit les germes par le toluène, recherchent les seuls caractères enzymatiques de l'ammonification.
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