Les matières organiques résiduelles, animales et végétales – excreta, débris, déchets, cadavres – subissent dans la nature, sous l'action des micro-organismes des sols et des eaux, des transformations plus ou moins poussées.
Celles-ci peuvent aboutir à la formation de matières colloïdales noirâtres, terreau ou humus, souvent riches en débris à peine décomposés : c'est l'humification. Elles peuvent aussi parvenir à une minéralisation complète des résidus organiques, qu'ils soient frais ou qu'ils aient été préalablement humifiés.
Dans le cas des protéines, macro-molécules azotées omniprésentes dans les cellules et les tissus, la transformation en matières minérales porte le nom d'ammonification parce qu'elle a pour terme l'ammoniac NH3. L'odeur caractéristique de ce gaz volatil est d'ailleurs nettement perceptible parfois, au cours des fermentations qui détruisent les protéines (protéolyse).
Or, pour beaucoup d'êtres vivants, notamment les végétaux chlorophylliens, l'azote est assimilable sous la forme ammoniacale : ainsi récupéré par les synthèses biologiques, il participe à l'élaboration de protéines nouvelles. Notons que la production de celles-ci est indispensable à l'entretien de la chaîne trophique qui conduit des plantes aux animaux, consommateurs ou mieux transformateurs de matière organique végétale.
Il apparaît donc clairement que l'ammonification est un chaînon obligatoire du cycle que suit l'azote dans la nature, aussi bien à l'échelle de l'ensemble des êtres, la biosphère, qu'à celle du groupe localement constitué, la biocénose.
On conçoit que l'étude des modalités de ce phénomène présente autant d'intérêt pour les agronomes et les pédologues que pour les écologistes, les microbiologistes et les hygiénistes.
1. La microflore ammonifiante
Bien qu'un mécanisme photochimique puisse contribuer, dans les eaux, à assurer l'ammonification, celle-ci est essentiellement de nature biologique, au moins dans les sols. Le fait est démontré par la sensibilité du phénomène vis-à- […]
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