Jusqu'en 1883, les possessions françaises d'Afrique équatoriale ont été administrées par un officier de marine portant le titre de commandant supérieur des Établissements français du golfe de Guinée. Le 16 décembre 1883, l'administration du Gabon est détachée de celle de la Guinée. Par un arrêté du 11 décembre 1888, le Gabon est réuni au Moyen-Congo. Deux lieutenants-gouverneurs administrent, l'un le Congo, l'autre l'Oubangui, sous la direction du commissaire général du Congo. En 1908, le titre de gouverneur général remplace celui de commissaire général et quatre territoires sont créés : Gabon, Moyen-Congo, Oubangui et Tchad. En 1910, un décret organise enfin le gouvernement général de l'Afrique-Équatoriale française (A.-É.F.). Cette organisation subira plusieurs modifications partielles (1934, 1937, 1941, 1944 et 1946).
L'Afrique-Équatoriale française est administrée par un gouverneur général qui réside à Brazzaville. Il est assisté d'un gouverneur secrétaire général et d'un conseil de gouvernement. Dans chacun des quatre territoires réside un chef de territoire, assisté d'un secrétaire général et d'un conseil privé. Les territoires sont divisés en régions, subdivisées en districts. Chefs de régions et de districts sont des administrateurs de la France d'outre-mer. Il subsiste une administration autochtone subordonnée, formée de chefs de villages, de cantons ou de tribus. Sept communes mixtes ont été créées en 1920.
La Constitution de 1946 ayant stipulé que « la France forme avec ses territoires d'outre-mer une union fondée sur l'égalité des droits et des devoirs sans distinction de race ou de religion » (l'Union française), les populations d'outre-mer ont reçu le droit de vote. En Afrique-Équatoriale, deux collèges ont été établis, l'un pour les citoyens de statut métropolitain et l'autre pour les autochtones. Le premier collège élit deux députés et quatre sénateurs, le second cinq députés et quatre sénateurs. Chaque territoire est, en outre, doté d'une assemblée territoriale dont les membres sont élus par les électeurs de chacun des deux collèges. Ces conseillers territoriaux délibèrent sur toutes les questions intéressant les finances locales. Ils élisent les vingt membres du Grand Conseil de l'A.-É.F., à raison de cinq par territoire. Ils élisent également sept représentants à l'Assemblée de l'Union française : un pour le Gabon, un pour le Moyen-Congo, deux pour l'Oubangui-Chari, trois pour le Tchad.
Ces institutions ont disparu avec la IVe République. Un sénat de la Communauté, prévu en 1958, n'a pas eu d'existence réelle, les quatre territoires ayant accédé à l'indépendance en 1960. Le Moyen-Congo a pris le nom de république du Congo et l'Oubangui-Chari est devenu la République centrafricaine.
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