3. Rôle écologique des Actinomycètes
Nous avons vu précédemment qu'on trouve des Actinomycètes presque partout dans la nature. Ils sont présents dans des sols polaires gelés en permanence tout comme dans des sols désertiques chauds et secs, dans le pétrole brut, les sols hautement contaminés avec des métaux lourds, les lacs extrêmement alcalins et les lacs salés. Par contre, ils semblent être absents des eaux minières très acides (pH < 1) et des sources thermales très chaudes d'origine volcanique.
Certaines espèces d'Actinomycètes semblent préférer certains habitats à d'autres. Par exemple, les Thermoactinomyces et les Faenia se trouvent dans les composts, les foins en fermentation et les condenseurs de réfrigérateurs et de climatiseurs. Les Actinoplanes et les Actinosynnema se rencontrent dans les sols cultivés et sur les débris végétaux qu'on trouve aux bords des rivières et des lacs ; les Micromonospora au fond des lacs et des réservoirs ; les Streptosporangium à la surface des sols forestiers ; les Microbispora et les Actinomadura dans les sols de prairies et les sols cultivés. Les Streptomyces, si nombreux, se rencontrent presque partout.
La fonction écologique des Actinomycètes au sein des écosystèmes est la décomposition des substances organiques. Les Actinomycètes, fort nombreux dans les sols, se joignent aux autres Bactéries et aux Champignons comme nettoyeurs de la nature et formateurs d'humus. Ils prolifèrent surtout quand l'action des Bactéries ordinaires touche à sa fin, on pourrait dire qu'ils terminent leur action. De plus, les Actinomycètes du genre Frankia vivent en association avec de nombreux arbres et arbrisseaux, tels que les aulnes, sur les racines desquels ils forment des nodules où l'azote gazeux est fixé. Le système Frankia-plantes ligneuses fixe, globalement, dans la biosphère presque autant d'azote que le système Rhizobium-légumineuses. Les Frankia fixent aussi l'azote in vitro, tandis que les Rhizobium ne le font qu'in planta. Les Frankia pénètrent les cellules des racines, qu'ils déforment, et y produisent des vésicules où l'azote est fixé grâce à une nitrogénase.
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