2. Phylogénie
Bien que la question des relations de parenté des acanthodiens ne soit pas encore résolue, il semble de plus en plus probable qu'ils constituent un groupe souche, comprenant des formes apparentés aux chondrichthyens, tandis que d'autres sont apparentées aux ostéichthyens. Des indices en faveur de cette hypothèse ont été mis en évidence récemment, notamment la découverte d'acanthodiens du Dévonien inférieur (410 Ma) dont les écailles sont très semblables à celles des chondrichthyens, et à celles des plus anciens chondrichthyens du Dévonien inférieur (400 Ma), qui conservent des épines en avant des nageoires paires. Il y a encore quelques années, l'arbre phylogénétique des acanthodiens était relativement simple (Janvier, 1996) : le groupe, monophylétique, comprenait trois grands ensembles, eux-mêmes monophylétiques : les climatiiformes (ex. Climatius), les ischnacanthiformes (ex. Ischnacanthus) et les acanthodiformes (ex. Acanthodes). Actuellement, seuls les acanthodiformes et les ischnacanthiformes restent considérés comme monophylétiques, mais les climatiiformes sont presque sûrement non monophylétiques, certains étant peut-être des chondrichthyens très primitifs.
Les acanthodiens deviennent abondants et diversifiés au cours du Silurien et du Dévonien (440-360 millions d'années), puis ne sont pratiquement plus représentés que par les acanthodiformes à partir du Carbonifère, jusqu'à leur extinction au Permien inférieur.
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